W 1939 rozpoczęła się pięcioletnia okupacja miasta, które straciło osobisty status stolicy plus weszło w środku repozytorium Generalnego Gubernatorstwa. Od pierwszych dni hitlerowcy przeprowadzali aresztowania dodatkowo potajemne mordy, m.in. w środku ogrodach sejmowych. W nocy z 26 grudnia na 27 grudnia 1939 rozstrzelano 107 osób do wnętrza masakrze wawerskiej. Więźniów politycznych przetrzymywano na Pawiaku, skądże odsyłani byli do wnętrza miejsca egzekucji w środku okolicach Warszawy także do obozów koncentracyjnych. Ogółem wskroś Pawiak więcej niż ok. 100 tys. mężczyzn dodatkowo 20 tys. kobiet. W okresie odkąd grudnia 1939 do lipca 1941 Republika Federalna Niemiec rozstrzelali w środku Palmirach co w żadnym razie 1 700 osób, zwłaszcza przedstawicieli inteligencji. Następne potajemne egzekucje warszawiaków przeprowadzano w środku tzw. warszawskim pierścieniu śmierci (m.in. Lasy Kabackie, Lasy Chojnowskie), dodatkowo innych miejscowościach niedaleko Warszawy. W tym okresie do obozów koncentracyjnych wysłano wewnątrz sumie ok. 60 000 mieszkańców miasta, wewnątrz większości inteligencji warszawskiej – w środku 1939 znajdowało się wewnątrz Warszawie 122,8 tys.[2] inteligencji (w tym kadra umysłowi), natomiast w środku październiku 1941 – 61,2 tys.[2] osób z tej grupy społecznej[2].
Od jesieni 1943, w środku ruinach zlikwidowanego oraz zrównanego z ziemią getta, przeprowadzano zbiorowe morderstwa ludności polskiej. Część egzekucji na cywilnych mieszkańcach miasta przeprowadzano publicznie, na ulicach Warszawy. Do połowy 1944 zginęło wewnątrz nich co bynajmniej 8 400 osób[6]. Nazwiska ofiar ogłaszano wskroś megafony oraz podawano do publicznej zasób wiedzy na specjalnych plakatach. Miejscem tortur więźniów oraz ludzi zatrzymanych wewnątrz tzw. łapankach, stało się pudło Gestapo w środku Alei Szucha. Wiele tysięcy warszawiaków wysłano w środku tym czasie na roboty przymusowe do Rzeszy czy do obozów koncentracyjnych.
Terror, który był metodą rządzenia do wnętrza okupowanym mieście, spotkał się z oporem znacznej części warszawiaków. Jego nasilenie dodatkowo zróżnicowanie form, jako masowe akcje zbrojne, nieduży dodatkowo spory sabotaż, tajna inicjatywa oświatowo-kulturalna, ratowanie zabytków, uczyniły Warszawę siedzibą władz Polskiego Państwa Podziemnego plus Komendy Głównej Armii Krajowej. W okresie 1944-1945 wewnątrz mieście funkcjonowała Rada Jedności Narodowej, ośrodki kierownicze innych tajnych organizacji wojskowych także działających w środku konspiracji stronnictw dodatkowo grup politycznych. Od 1943 funkcjonowała ponadto ekspozytura sowiecka – Krajowa Rada Narodowa.
Na terenie Warszawy pojawiały się także próby niewolniczego wykorzystania siły roboczej mieszkańców. Rajch założyli wewnątrz Warszawie zastęp obiektów obozowych, zebranych do wnętrza 1943 poniżej nazwą ugrupowanie koncentracyjny KL Warschau, do wnętrza którym w charakterze podobozie Majdanka czy na wskroś płytki godzina obozie samodzielnym, niezależnie od wykorzystania niewolniczej siły roboczej dochodziło do ludobójstwa. W obozie zginęło co w żadnym wypadku kilkadziesiąt tysięcy[11] mieszkańców Warszawy.
Eksterminacja ludności Warszawy w środku KL Warschau była związana z planami realizacji projektu zburzenia Warszawy również zamienienia jej wewnątrz prowincjonalne miasto niemieckie liczące ok. 100 000 ludzi (wybudowane na rzecz elity nazistowskiej zarządzającej podbitymi terenami na wschodzie) – służyły temu celowi zarówno surowa instrukcja Adolfa Hitlera by nie rekonstruować Warszawy ze zniszczeń wojennych z 1939 roku, traktowanie miasta zaledwie jak siedziby władz okupacyjnych jednego z 5 dystryktów Generalnego Gubernatorstwa, dodatkowo opracowany na wskroś niemieckich architektów tzw. Plan Pabsta, przewidujący wyburzenie całych dzielnic miasta także likwidację zabytków kultury polskiej (m.in. do wnętrza miejscu zburzonego Zamku Królewskiego wewnątrz Warszawie miała egzystować wystawiona Hala Kongresowa NSDAP (niem. Parteivolkshalle) czy Hala Ludowa (niem. Volkshalle)).